بيست روز قبل از شهادت، قبل از ترك خانه براي شركت در جلسه‌اي مهم، همسر رجايي به او گفت: «پيشنهاد مي‌كنم وصيت‌نامه‌ي جديدي بنويسيد. وصيت‌نامه قبلي را سال‌ها پيش نوشته‌ايد. » رجايي به يادآورد كه در سال 1352 قبل از اين‌كه به زندان برود، وصيت‌نامه‌اي نوشته بود و آن‌ روز، هشت سال از نوشتن آن وصيت‌نامه مي‌گذشت. كمي فكر كرد. سپس كاغذي خواست تا وصيت‌نامه‌اي جديد بنويسد.

اين بنده كوچك خداوند بزرگ با اعتراف به يك دنيا اشتباه، بي‌توجهي به ظرافت مسئوليت از خداوند رحيم طلب عفو و از همه برادران و خواهران متعهد تقاضاي آمرزش خواهي مي‌كنم. وصيت حقيقي من مجموعه زندگي من است. به همه چيزهايي كه گفته‌ام و توصيه‌هايي كه داشته‌ام در رابطه با اسلام و امام با انقلاب تأكيد مي‌نمايم. اين مختصر را براي رفع تكليف و تعيين خط ‌مشي براي بازماندگان و بر حسب وظيفه شرعي نوشتم و گرنه وصيتنامه اين‌ بنده حقير با اين همه تحولات در زندگي در اين مختصر نمي‌گنجد و مكّه، حج بيت‌الله بر من واجب شده بود امكان رفتن پيدا نشد. اينك كه به لقاءالله شتافتم اين واجب را يكي از بندگان صالح خداوند به عهده بگيرد. ثلث اموال به تشخيص بازماندگان به «خيرالعمل» صرف شود و اگر به نتيجه قطعي نرسيدند به بنياد شهيد بدهيد. آخرين وصيت بيست روز قبل از شهادت، قبل از ترك خانه براي شركت در جلسه‌اي مهم، همسر رجايي به او گفت: «پيشنهاد مي‌كنم وصيت‌نامه‌ي جديدي بنويسيد. وصيت‌نامه قبلي را سال‌ها پيش نوشته‌ايد. » رجايي به يادآورد كه در سال 1352 قبل از اين‌كه به زندان برود، وصيت‌نامه‌اي نوشته بود و آن‌ روز، هشت سال از نوشتن آن وصيت‌نامه مي‌گذشت. كمي فكر كرد. سپس كاغذي خواست تا وصيت‌نامه‌اي جديد بنويسد. او بر روي يك برگ كاغذ دفتر مشق بدون‌ اين‌ كه پاكنويس كند خوش خط و خوانا و بدون خط‌خوردگي و روان‌ و ساده وصيت‌نامه‌اي نوشت و آن را به همسرش داد. نكاتي كه در اين چند خط به آن‌ها اشاره‌ شده، بسيار قابل تأمل است: بسم الله الرحمن الرحيم اين بنده كوچك خداوند بزرگ با اعتراف به يك دنيا اشتباه، بي‌توجهي به ظرافت مسئوليت از خداوند رحيم طلب عفو و از همه برادران و خواهران متعهد تقاضاي آمرزش خواهي مي‌كنم. وصيت حقيقي من مجموعه زندگي من است. به همه چيزهايي كه گفته‌ام و توصيه‌هايي كه داشته‌ام در رابطه با اسلام و امام با انقلاب تأكيد مي‌نمايم. به كسي تكليف نمي‌كنم ولي گمان مي‌كنم اگر تمام جريان زندگي مرا به صورت كتاب در‌آورند براي دانش‌آموزان مفيد باشد. هر چه از مال دنيا دارم متعلق به همسر و فرزندانم مي‌باشد. كيفيت عملكرد را طبق قانون شرع به عهده خودشان مي‌گذارم. برادرم محمدحسين رجايي وصي و همسرم ناظر و قيم باشند. خداي را به وحدانيت، اسلام را به ديانت، محمد(ص) را به نبوت و علي و يازده فرزندان معصومين عليهم‌السلام را به امامت و پس از مرگ را به قيامت و خداي را براي حسابرسي به عدالت قبول دارم و از درياي كرمش اميد عفو دارم. اين مختصر را براي رفع تكليف و تعيين خط ‌مشي براي بازماندگان و بر حسب وظيفه شرعي نوشتم وگرنه وصيت‌نامه اين‌ بنده حقير با اين همه تحولات در زندگي در اين مختصر نمي‌گنجد و مكّه، حج بيت‌الله بر من واجب شده بود امكان رفتن پيدا نشد. اينك كه به لقاءالله شتافتم اين واجب را يكي از بندگان صالح خداوند به عهده بگيرد. ثلث اموال به تشخيص بازماندگان به «خيرالعمل» صرف شود و اگر به نتيجه قطعي نرسيدند به بنياد شهيد بدهيد. محمدعلي رجايي انفجار و شهادت در ساعت سه عصر، صداي انفجار مهيبي از ساختمان نخست‌وزيري برخاست. كاركنان به طرف محل انفجار دويدند. جمعيت زيادي از راه رسيد. همه نگران رجايي و باهنر بودند. رجايي از چند روز قبل به فرمان حضرت امام خانواده‌اش را در يكي از واحدهاي مسكوني نهاد رياست‌جمهوري ساكن كرده بود تا ديگر مجبور به رفت‌وآمد به خانه‌اش نباشد. كمال، پسر سيزده ساله رجايي از دور شاهد شعله‌هاي آتش بود. او با حالي آشفته به مادرش تلفن كرد و ماجرا را با او در ميان گذاشت تا همسر شهيدرجايي خودش را برساند. پيكرهاي خونين و سوخته رجايي و باهنر را به بيمارستان منتقل كردند. شدت انفجار به حدي بود كه ابتدا هيچ‌كس نتوانست كشته شدگان را شناسايي كند. جنازه‌ها را به بيمارستان انقلاب منتقل كرده و پيكر شهيدرجايي را در سردخانه قراردادند. هيچ‌كس نمي‌دانست كه اين پيكر سوخته، بدن شهيدرجايي است. به فكر يكي از اطرافيان او رسيد كه از روي دندان‌ها مي‌توان فهميد كه پيكر سوخته، بدن شهيدرجايي است يا خير؟ اما سوختگي آن‌چنان بود كه دهان رجايي به سادگي باز نمي‌شد. لحظاتي بعد يكي از پزشكان از راه رسيد و پس از شستن لب‌ها با آب اكسيژنه، دهان را باز كرد و دندان‌ها ديده‌ شد، اما باز هم كسي او را نشناخت. همسر شهيد رجايي به بيمارستان آمد و در سردخانه پيكر سوخته شهيد‌رجايي را شناسايي كرد. با شنيدن خبر شهادت رجايي و باهنر، مردم به خيابان‌ها ريختند و ايران در سوگ رئيس‌جمهور و نخست‌وزير خود فرو رفت. با طلوع آفتاب روز نهم شهريور ماه مردم در مقابل مجلس شوراي اسلامي تجمع كرده و با سردادن شعار«رجايي، رجايي! راهت ادامه دارد! » پيكر او و شهيد باهنر را تا بهشت زهرا مشايعت كردند. اطلاعيه خانواده شهيد محمدعلي رجايي رييس‌جمهور بسم‌الله‌الرحمن‌الرحيم محمدعلي رجائي مقلد امام و فرزند ملت به عهد و پيماني كه با خداي خويش بسته بود وفا كرد و به كاروان شهداي اسلام و انقلاب اسلامي پيوست. «واوفوا بعهد الله اذا عاهدتم» رجايي اين سرباز اسلام و انقلاب كه طعم فقر و محروميت را چشيده بود و هنوز نقش آثار داق و شكنجة زندان‌هاي منحوس، پهلوي از پيكر او محو نشده بود، در مبارزه بي‌امان خويش عليه ظلم و جور و استكبار، عليه شرك و كفر و الحاد تا پاي جان ايستاد و با خون خود، نهال انقلاب اسلامي ايران را آبياري كرد و به خدا پيوست. اينك اي امت شهيدپرور و انقلابي ايران، فرزند شما محمدعلي رجائي، كه شما با رأي قاطع خود او را به رياست‌جمهوري اسلامي ايران برگزيده و با انتخاب او به رياست جمهوري به جريانات انحرافي و سازش‌كارانه خط بطلان كشيديد در راه انجام وظيفه‌اي كه به عهده او گذاشته بوديد شهيد شد. او خود را به حق فرزند ملت مي‌دانست و اينك خانوادة‌ وي شهادت او را به امام ملت بزرگ و انقلابي ايران تبريك و تسليت مي‌گويند و تو اي امام بزرگوار، دعا كن كه خدا خون اين شهيد را كه از ميان مردم محروم و مستضعف جامعه برخاست و در راه حفظ و حراست حقوق محرومان و مستضعفان جامعه و استقرار حاكميت اسلام شهيد شد از امت مسلمان و شهيدپرور ايران بپذيرد و اينك ما، همسر و فرزندان و خانواده شهيد رجايي، امروز در اجتماع دانشگاه حاضر مي‌شويم تا يك بار ديگر با امام و امت مسلمان انقلابي ايران در ادامه راه شهيدان تجديد بيعت كنيم. در اهتزاز باد پرچم خونين اسلام، پرطنين باد بانگ آسماني الله‌اكبر، به اميد پيروزي اسلام و مسلمين.

خانواده شهيد محمد علي رجائي

«...آن چه مهم است ، ساخته شدن انسان است، که یکی از دستاوردهای این انقلاب بزرگ است، و اگر انسان ساخته شود همه چیز مهیا است. من به شما قول می دهم که با ساخته شدن انسان ها، پیروزی ما کامل است و با مکتبی که داریم نه تنها ایران بلکه جهان را می توانیم اداره کنیم... آن چه در این انقلاب مطرح است؛ انسان سازی است. هر چه انسان تر بشویم، انقلابی تر شده ایم و شهدای ما این اثر را داشته اند که ما را انسان تر کرده و می کنند. رسالت اساسی ما، اسلامی کردن محیط های آموزشی و استقرار تربیت اسلامی در محیط های آموزشی است. انقلاب ما هیچ وقت به ثمر نمی رسد مگر این که آموزش و پرورش ما سامان یابد. وزارت آموزش و پرورش یعنی وزارت تربیت و نگهداری معلم. اگر معلم داشته باشیم، همه چیز داریم. ساختمان چیزی نیست که نشود ساخت، این معلم است که ساختنش مشکل است... خواهران و برادران همکار، از آن جا که مدرسه پایگاه و خاستگاه تقوی و تقوی محصول ساختن انسانی جدا از همه «من ها» و پیوستن به جامعه و زیستن برای مردم در راه خدا است، لذا معلمین ما بر این پایه و بر اساس رهنمودهای مکتب انسان ساز اسلام مسولیت بزرگی بر دوش دارند. تاریخ فردای ایران، بلکه اسلام به تلاش های پی گیر شما چشم امید دوخته است، که مساعی خود را در راه تعالی فرزندان این مرز و بوم به کار گیرید و در این لحظات حساس همگی از آزمایش های الهی ، سربلند بیرون آییم... 

• خداوند دوست ندارد کسی سخن درشت را فریاد بکشد مگر وقتی که مورد ستم قرار گرفته باشد.

....................................................................................................
• ما در شرایطی به اینجا آمده‌ایم که کشورمان در میان آتش جنگ برافروخته از سوی دولت بعث و نامردمی عراق می‌سوزد. و نیز در شرایطی هستیم که واقعه زلزله الجزایر به نوبه خود مردم و امام ما را سخت اندوهگین ساخته و بسیار متأسفیم که به علت شرایط جنگ نتوانستیم، آنچنان که باید در جهت برآوردن نیازهای مردم برادر و مسلمان آنجا اقدام نمائیم.

....................................................................................................
• دنیا باید بداند که ارتش فریب خورده صدام به هیچ چیز رحم نمی‌کند و خاطرات حمله هیتلر را دوباره در یادها زنده کرده است. صدام برای ادامه چند روز بیشتر حکومت خود با دوازده لشگر و با متجاوز از 2500 تانک و صدها هواپیمای جنگی و جنگ‌افزارهای فراوان دیگری به مردم کشور ما که دوران بازسازی جمهوری اسلامی را شروع کرده‌اند، سبعانه حمله‌ور شده است.

....................................................................................................
• ما وجدانهای پاک مردم سراسر جهان بخصوص مسلمانان را که در ارزشهای مکتبی با ما هم عقیده‌اند، به قضاوت فرا می‌خوانیم.


• ما متعجبیم، کسانی که خود را پایبند انسانیت می‌دانند، چگونه در مقابل این اعمال وحشیانه و ضد بشری و این تجاوز آشکار سکوت کرده و یا ادعای بی‌طرفی می‌نمایند؟ ملتها چگونه به نمایندگان خود اجازه می‌دهند، که در محافل بین‌المللی بگویند، ما بی‌طرف هستیم؟

....................................................................................................
• ما می‌دانیم که بسیاری از انقلابیون دنیا در اینجا حاضر شده و حقوق ملت خود را مطالبه کرده‌اند ولی در نهایت، همیشه این ملتها بوده‌اند که توانسته‌اند با قهر انقلابی و با دست خویش تجاوزگران را بر جای خود بنشانند.

....................................................................................................
• ملت مظلوم و قهرمان ما با الهام از مکتب حیات بخش اسلام و تحت رهبری مرجع عالیقدر، امام خمینی سرانجام خواهد توانست متجاوزین را شکست داده و حقوق حقه خود را از آنان بازپس گیرد.

....................................................................................................
• من صریحا اعلام می‌کنم، که ملت ما مصمم است حتی با دنبال کردن یک جنگ طولانی و مردمی، نه تنها متجاوزین را سر جای خود بنشاند، بلکه با این عمل خود، ملت برادر و مسلمان عراق را نیز به ماهیت رژیم ضد مردمی و وابسته صدام هر چه بیشتر آشنا سازد و نیز جوابی دندان‌شکن به امپریالیزم آمریکا دهد که مستقیم و غیرمستقیم به دولت بعث عراق کمک می‌نماید.


• ما به کسانی که برای عراق اسلحه و مهمات و قطعات یدکی ارسال می‌دارند تا ارتش بعث، مردم مسلمان و ضد امپریالیزم ایران را به خاک و خون کشد، بسوزاند و اسیر نماید. هشدار می‌دهیم که تشبثات آنها بی‌جواب نخواهد ماند و بدانند که ملت ما تصمیم گرفته است زنده، آزاد و مستقل بماند و از انقلاب اسلامی خود پاسداری نماید و این کار را نیز به یاری خدا خواهد کرد.

....................................................................................................
• ابرقدرتها می‌خواهند در خاورمیانه،‌ اسرائیل دیگری را بر مردم تحمیل کنند. مگر هنوز جنایات آمریکا در سرکوبی خلق محروم و برادر، فلسطین و مردم مسلمان جنوب لبنان کامل نشده است که کوشش در تشکیل اسرائیلی دیگر تحت پوشش ناسیونالیزم عربی می‌کنند؟

....................................................................................................
• آیا صهیونیست‌های اسرائیل برای انجام جنایات آنان در منطقه کافی نبوده‌اند که دولتی دیگر به سرکردگی صدام را به نابودی معیارهای انسانی و تأمین قصد قدرت‌طلبانه‌شان وادار می‌کنند؟


• معتقدیم، آتشی که به دست صدام در منطقه روشن شده است، او و همه کسانی را که به وی کمک کرده و می‌کنند، خواهد سوزاند.

....................................................................................................
• هدف رژیم عراق و اربابانش به دست آوردن قطعه‌ای خاک نیست بلکه هدف اصلی، فلج کردن حرکت انقلابی مردم مسلمان و براندازی جمهوری اسلامی ما می‌باشد. آنان می‌خواهند این خیزش انسانی را که از ایران آغاز شده است،‌ عقیم گذارند و ما را از ساختن ایرانی آزاد و مستقل با معیارهای انقلابی و اسلامی باز دارند،‌ زیرا پیروزی انقلاب اسلامی ایران شکست همه نیروهای طاغوتی در جهان است.

....................................................................................................
• مردم محروم دنیا و نیز همه کسانی که از شرق و غرب سرخورده‌اند، باید بدانند که انقلاب اسلامی ما راهی نو برای همه مستضعفین جهان گشوده است. انقلاب ما استقلال را با نیروی ملت به دست آورده و بقای آن را نیز با فداکاری خود آنان و بی‌نیازی از دیگران تضمین خواهد کرد.

....................................................................................................
• ما معتقدیم و به تجربه دریافته‌ایم آنچه در جنگ سرنوشت‌ساز است ایمان و اعتقاد جنگندگان می‌باشد، نه سلاح و مهمات. و بر این اساس از هم اکنون با قاطعیت اعلام می‌داریم که در این جنگ تحمیلی، ایمان اسلامی و انقلابی مردم، برنده واقعی و اصلی خواهد بود نه آواکس‌های آمریکایی و نه توپولوف‌های روسی.

....................................................................................................
• ما در این جنگ تنها از تمامیت ارضی و منابع اقتصادی خود دفاع نمی‌کنیم، بلکه از شرف انسانی و حیثیت مردم مسلمان کشورمان نیز حراست می‌نماییم و به خاطر رهبری انسانیت به سوی آرمان‌های اصیل انسانی می‌جنگیم و می‌دانیم که این جنگ تحمیلی در نهایت و به طور قطع به پیروزی حق بر باطل خواهد انجامید.

....................................................................................................
• ما به دنیا ثابت می‌کنیم، بدون اینکه برای مبارزه با استعمار غرب به دامن استعمار شرق پناه بریم، قادریم روی پای خویش بایستیم و برای حفظ استقلال خود بیشترین بها را بپردازیم.

....................................................................................................
• تجاوز نظامی طبس، توطئه کودتا و حمله سبعانه ارتش صدام به ایران، به ابرقدرتها نشان داد که توسل به زور به هر شکل در مقابل انقلاب اسلامی محکوم به شکست است.

....................................................................................................
• ما در مقابل، به انتظار روزی هستیم که مردم برادر و مستضعف عراق به آزادی و استقلال خویش رسند و صدام مجرم را در دادگاه انقلاب اسلامی عراق محاکمه کنند و به سزای اعمالش برسانند. و نیز، این برای دیگر ملت‌های تحت ستم درسی باشد که جهت کسب استقلال، آزادی و کرامات انسانی باید از هستی خود سرمایه گذارند، که سنت خدا بر یاوری مستضعفین بپاخاسته است.

....................................................................................................
• رژیم بعث عراق به خاطر نقض عهد و تجاوز به جمهوری اسلامی ایران باید اعتراف کند که یا ضد انسانی تصمیم می‌گیرد و یا به دستور اربابان ابرقدرت جهانیش، نه به قصد "اصلاح مرزها" بلکه برای "نابودی انقلاب اسلامی" دست به چنین اعمال جنایتکارانه، جنو‌ن‌آمیز و در عین حال ابلهانه‌ای زده است.

....................................................................................................
• ما موضع خصمانه بعث عراق را نسبت به خود چیزی جدا از مواضع ابرقدرتها و در رأس آنها آمریکا، نسبت به انقلاب اسلامی ندانسته و نمی‌دانیم. ما از پشت این تریبون به مردم جهان اعلام می‌کنیم که تجاوز نظامی عراق را بخشی از توطئه‌های پیاپی استکبار جهانی به سرکردگی آمریکا علیه انقلابمان می‌دانیم.

....................................................................................................
• تجاوز عراق را تجاوز ظلم و کفر جهانی علیه انقلاب اسلامی خود دانسته و دست شیطان بزرگ و شیطان‌های کوچک را در پس آن می‌بینیم.

....................................................................................................
• دولت بعث عراق پس از تجاوز در حالی که بخش‌هایی از سرزمین اسلامی ما را تحت اشغال خود در آورده و بسیاری از مردم بی‌دفاع و غیرنظامی را کشته و شهرها و کارخانه‌های ما را به ویرانی کشیده، برای فریب افکار عمومی، شعار قطع جنگ و آتش بس را مطرح کرده است و برخی از دولت‌ها نیز متأسفانه آگاهانه و یا ناآگاهانه از شعار مزبور پشتیبانی کرده‌اند.

....................................................................................................
• ما صریحا اعلام می‌کنیم که پایان عادلانه این جنگ نظیر هر جنگ دیگر جز با سرکوب و مجازات تجاوزگر امکان‌پذیر نخواهد بود. این آخرین و اصلی‌ترین حرف ماست زیرا قبول آتش‌بس از سوی کشوری که سرزمین و مردمش زیر چکمه‌ها و رگبارهای دشمن است، تثبیت وضع متجاوز و تحمیل تجاوز به کشور مظلوم است.

....................................................................................................
• تعالیم اسلام و تجربیات تاریخی به ما نشان داده که جز با توکل به الله و تکیه بر مردم، پیروزی و غلبه بر مشکلات میسر نبوده و نخواهد بود.

....................................................................................................
• حضور ما در این شورا صرفا به دلیل رساندن ندای مظلومیت ملت مسلمان و بپاخاسته ایران به گوش مردم سراسر جهان و هشدار به آنها از بابت خطر سرکوب انقلاب و بازتاب آن بر مبارزات کلیه خلق‌های در بند می‌باشد.

....................................................................................................
• بار دیگر به ابرقدرت‌ها و مستکبرین جهانی اخطار می‌کنیم که با توجه به شکست‌های پیاپی، دست از تلاش‌های مذبوحانه و توطئه علیه انقلاب اسلامی ایران برداشته، بدانند که رشد و گسترش روزافزون انقلاب الهی ما را که با خون شصت و پنج هزار شهید به ثمر رسیده و با خون هزاران شهید پس از انقلاب بارور گردیده، هرگز نخواهند توانست متوقف کنند.

....................................................................................................
• رأی شورا هر چه باشد، ملت به یاری خداوند،‌ صدام و رژیم متجاوزش را به دست توانای خود سرکوب خواهد کرد و نیز به یاری خدا در آینده‌ای نه چندان دور مردم عراق از شر این ظالم ستمگر خلاص خواهند شد. به زودی خواهند دید ظالمین و ستمگران جهان، که چگونه سرنگون خواهند شد و سرانجام کار به نفع حق‌طلبان جهان است.